Ada beberapa alternatif transportasi yang ditawarkan. Perjalanan lewat laut yaitu melalui KMC Kartini 1, Kapal Ferry Muria dan kapal motor kecil. Untuk perjalanan udara dapat melalui kota Semarang, Yogyakarta atau Solo. Kapal Ferry Muria yang dikelola ASDP banyak digunakan jasanya oleh sebagian besar masyarakat Karimunjawa atau para wisatawan yang lebih memilih memakai mobil pribadi untuk berwisata. Dibutuhkan waktu tempuh lebih kurang sekitar 6 – 6,5 jam ke Karimunjawa. Cukup lama jika dibandingkan dengan KMC Kartini 1 yang memakan waktu 2,5 jam dari Jepara ke Karimunjawa. Sedangkan kapal motor kecil yang merupakan alat angkut penduduk untuk hasil bumi, bahan pokok dan sebagainya. kadang juga melayani transportasi dari dan ke karimunjawa. Kapal motor kecil tersebut dapat menempuh perjalanan laut sekitar 5 - 8 jam tergantung dari kapasitas mesin motor dan cuaca.Tentu saja dari beberapa alternatif tersebut dapat dipilih sesuai kenyamanan, kemampuan dan kebutuhan.

KAPAL MOTOR CEPAT (KMC) KARTINI I
Bagi sebagian masyarakat yang pernah berkunjung ke karimunjawa melalui Pelabuhan Tanjung Emas Semarang pasti mengetahui keberadaan KMC Kartini 1. Wisatawan cenderung lebih memilih kapal tersebut karena disamping lebih nyaman juga pertimbangan lebih singkatnya perjalanan. Jalur Semarang – Karimunjawa yang dihubungkan lebih dari 60 mil laut dibutuhkan waktu tempuh sekitar 3,5 jam perjalanan.
Resmi beroperasi sejak April 2004 KMC Kartini 1 merupakan hasil patungan PemProv Jateng dan Pemkab Jepara, yang hingga saat ini untuk pengoperasiannya masih bergantung pada subsidi pemerintah. KMC (Kapal Motor Cepat) Kartini 1 dibuat oleh PT PAL Indonesia. Dari perencanaan desain, pembuatan konstruksi serta penyelesaian akhir merupakan hasil karya tenaga ahli Indonesia. Alat transportasi tersebut merupakan tipe kapal penumpang cepat propeller (baling – baling) ganda dengan dilengkapi peralatan navigasi canggih. Tata keindahan desain eksterior dan interior bertujuan untuk lebih mengedepankan keselamatan dan kenyamanan.
Spesifikasi :

(sumber: suara merdeka)

KAPAL MOTOR PENYEBERANGAN (KMP) MURIA
Mulai beroperasi sejak Oktober 1996 yang dikelola oleh PT. ASDP (Angkutan Sungai, Danau dan Penyeberangan). Ferry Indonesia Jepara BUMN dibawah naungan Ditjen Perhubungan Darat. KMP Muria mempunyai kapasitas total 250 penumpang baik kelas VIP maupun Bisnis. Selain penumpang, kapal penyeberangan dengan rute tetap Jepara-Karimunjawa-Jepara ini juga mengangkut kendaraan dan barang. Jalur Jepara–Karimunjawa yang berjarak sekitar 40 mil laut lebih ditempuh dalam waktu lebih kurang 6 - 6,5 jam. Berbeda dengan penyeberangan Ketapang – Gilimanuk yang berjarak relatif dekat.

PESAWAT TERBANG CESSNA
Sebuah resort mewah di Karimunjawa juga melayani penerbangan dengan pesawat terbang dua mesin ganda jenis Cessna 402B dengan 6 - 8 penumpang dan pesawat terbang jenis Cessna 172 untuk 3 penumpang. Penerbangan dapat melalui Semarang dan Yogyakarta/Solo dengan tujuan Karimunjawa. Waktu tempuh yang diperlukan adalah sekitar 30 menit via semarang dan 60 menit via Yogya/Solo dengan kecepatan rata-rata terbang 160 knots.
Saat ini jadwal penerbangan pesawat belum dilayani kembali sambil menunggu renovasi yang dilakukan pihak resort tersebut.